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Creado en la Facultad de Ciencias Agrícolas, el Museo NKM depende administrativamente de la Decanatura (Res. Rect. 122/2003) y coordina sus actividades con diferentes unidades de la Universidad Autónoma Gabriel René Moreno, principalmente con la carrera de Biología y la Dirección de Investigación Científica e Innovación Tecnológica (DICIT).

El Museo NKM tiene una certificación nacional como Institución Científica Autorizada (ICA), vía Dirección General en Biodiversidad y Áreas Protegidas del Ministerio de Medio Ambiente y Agua, para realizar o respaldar a instituciones nacionales e internacionales en proyectos de investigación, especialmente en materia de biodiversidad. Respaldo dado por medio de convenios o cartas de intenciones con diferentes tipos de instituciones (museos, universidades, organizaciones no gubernamentales, empresas privadas). Asimismo, cada año el Museo NKM elabora propuestas, ya sea para presentar directamente a instituciones financiadoras o formar parte de consorcios para obtener fondos y así ejecutar la investigación.

Instituciones bolivianasInstituciones internacionales
Herbario Nacional de Bolivia (LPB)Royal Botanic Gardens (KEW), Inglaterra
Fundación Amigos de la Naturaleza (FAN)Universidad de Reading y Universidad Exeter, Gran Bretaña
Fundación para la Conservación del Bosque Chiquitano (FCBC)Museum of Natural Science, Louisiana State University, EEUU
Centro Ecopedagógico Simón I. PatiñoDepartment of Plant Science, Oxford University, Inglaterra
Fundación Noel Kempff MercadoMissouri Botanical Garden (MBG), EEUU
Fundación para la Conservación de los Murciélagos de Bolivia (PCMB)Royal Ontario Museum de Canadá
WCS-BoliviaSam Noble Oklahoma Museum of Natural History, EEUU
Fundación NaturaMuseo Senckenberg, Alemania
Asociación Civil ArmoníaDepartamento de Biología, Universidad de Florencia, Italia
Servicio Nacional de Áreas Protegidas (SERNAP)Centro de Ecología Funcional y Evolutiva (CEFE), Francia
Central Indígena de Lomerío (CICOL)Facultad de Agricultura Tropical – Universidad Checa de Praga
Ecología y EmpresaPantera Colombia
Protección del Medio Ambiente Tarija (PROMETA)Núcleo de Pesquisa e Conservação de Cervídeos/ UNESP, Brasil
Asociación Sucrense de Ecología (ASE)Museo Nacional de Ciencias Naturales Bernardino Rivadavia, CONICET, Argentina
Aves BolivianasConservación Internacional
Apoyo para el Campesino del Oriente Boliviano (APCOB)Guyra Paraguay
Centro Boliviano para el Desarrollo Sostenible (CEBDES)